民进党派系源自建党前反对国民党当局的“党外”势力，主要是由主张“参加体制内议会选举温和路线”的“党外公职人员公共政策研究会”（简称“公政会”）和主张“体制外群众斗争激进路线”的“党外编辑作家联谊会”（简称“编联会”）两大组织系统演变而来，后在岛内选举竞争和党内权力斗争过程中，不断分化组合出新派系，且在不同时期表现出不同的派系生态。2018年“九合一”败选后，民进党内部进入新一轮的震荡期和调整期，各派之间争权夺利、此消彼长、分赃共治的派系格局再次出现新变化。
形成期：“两派对抗”（1989——1992）
组党之初，民进党的主要派系有“康（宁祥）系”、“美丽岛系”、“新潮流系”和“前进系”，派系生态明显延续了“党外运动”两大组织系统的斗争，一开始主要表现为“新潮流系”和“康系”之间的争夺较量。1987年5月，黄信介、张俊宏等“美丽岛系”重要人物纷纷出狱，他们凭借所谓政治“受难者”的道德光环，在岛内进行巡回演讲及联络，将该系重整为党内最大派系。随着民进党内外形势的发展，1988年底，“康系”因康宁祥个人地位下降而式微，“前进系”则随主张两岸统一的领导人林正杰退党而削弱，这两派的成员多被“美丽岛系”收编。最终各派混战的结果是：泛“美丽岛系”与泛“新潮流系”的分庭抗礼。两大阵营围绕党的路线发展和重大权力分配不断展开激烈争斗，甚至一度使民进党濒临分裂的边缘。
发展期：“多强竞逐”（1992——2000）
在经历了短暂的“美丽岛系”和“新潮流系”两强对垒局面之后，民进党内派系活动进入多元化阶段。一方面，李登辉上台后，岛内“台独”活动逐渐公开化、“合法化”，以“台独联盟”为代表的海外“台独”势力陆续返台，并整体加入民进党成为民进党内的一支重要派系。另一方面，美新两大派系对峙的白热化，使党内被边缘化的中间力量逐渐聚合，陈水扁、谢长廷等政治明星分别自立山头，成立了“正义连线”和“福利国连线”，他们通过招募党员扩张势力，经过“立委”和“总统”选举，发展成为党内的实力派系。
整体来看，1990年代民进党的派系结构从短暂的美新“两极对立”，转向由“新潮流系”、“美丽岛系”、“正义连线”、“福利国连线”及“台独联盟”等五大派系的“多强竞逐”，各派系之间缓冲和妥协空间有所增加，既彼此合作又相互制衡。90年代后期，“美丽岛系”因黄信介的去世和许信良、张俊宏两位大老权斗而元气大伤，最终分裂成“新动力办公室”和“新世纪办公室”两个小派系，残余力量多被“正义连线”吸收；“台独联盟”也有部分成员因不满民进党的路线转型而退党；陈水扁对民进党内各派系的影响力日渐增强；民进党内的派系新生态初现端倪。
稳定期：“扁新合作”（2000——2006）
民进党执政后，陈水扁凭借掌控党政大权的实力，成为各派“共主”，“正义连线”也随之成为扁的“御林军”。其他派系各自采取策略，力求扩展生存发展空间，他们或为分享权力依附于扁，或抱团取暖防止被边缘化。整体来看，这一阶段民进党的派系结构相对稳定，维持了表面上的利益平衡，主要表现为：陈水扁及其统合派系和“新潮流系”围绕权力分配的竞合与共治。
扁上台之初，面临民进党在“立法院”是少数党、“正义连线”是党内少数派等多重困境，急需其他派系的支持。而“新潮流系”则依靠严密的组织和扎实的经营，不断增强实力，许多成员位居权力要津，是最有凝聚力和战斗力的“党中党”。2000年5月，“正义连线”、“福利国连线”、“新动力办公室”、“新世纪办公室”和“台独联盟”在“立法院”内共同筹组成立了一个支持扁的派系联合体——“主流联盟”，在很大程度上是为了制衡“新潮流系”，防止其“一系独大”，危及扁的权力地位和其他派系的生存空间。2001年底“立委”改选后，“正义连线”急剧扩张，一度成为“立委”席次最多的派系。扁为全面掌控党政大权，授意“正义连线”与“新潮流系”交好，并大幅启用“新潮流系”成员担任要职，实现了“扁新合作”。
陈水扁执政后期，连续爆发一连串贪渎弊案，引起了“新潮流系”成员的强烈批判，扁在平衡各派矛盾冲突方面显得力不从心，派系“共主”地位逐渐弱化。民进党派系生态开始出现较大的新变化。
内耗期：“分化重组”（2006——2014）
2006年7月，民进党第十二届全代会通过了“解散派系”的决议，实质是党内地位不断下降的陈水扁联合某些失势派系，为限制“新潮流系”壮大而采取的反制措施。但此举未能从根本上改变民进党根深蒂固的“派系共治”模式，各派通过成立智库、幕后操盘、地下运作等方式延续党内布局。2008年岛内政权轮替，民进党的派系之争从争抢和分享执政资源转向争夺党内领导权，尤其是围绕“中常委”、“中执委”席位和公职提名展开明争暗斗、合纵连横，各派系及派系同盟之间互耗能量，派系生态出现了几个新特点：
一是“扁系”实力渐趋下降，“新系”实力稳步增强。随着陈水扁政治影响力衰退，“扁系”的“中常委”、“中执委”席次不断减少，其所领导的“正义连线”组织涣散、逐渐分化，不少“扁系”成员纷纷投靠其他派系。“新潮流系”借成立智库转型后，实力有所增强，“中常委”、“中执委”席次占比约1/3，在党内重大职务安排上也收获颇丰，成为民进党内最强派系。
二是形成了以重要政治人物为核心的派系新格局。围绕2008年“大选”提名，民进党内逐渐形成了以陈水扁和有意角逐“总统”大位的谢长廷、苏贞昌、游锡堃等几位“天王级”政治人物为核心的新政治圈子，被外界称为“扁系”、“谢系”、“苏系”、“游系”。特定政治人物影响力的强弱直接关系到其主导派系的实力。
三是各派互组阵营、此消彼长成为常态。两届党内“大选”提名过程中，先有共推苏贞昌的“新苏连”（即“新系”、“苏系”、“绿色友谊连线”一度结成的非正式联盟）与以谢长廷为代表的反“新潮流”同盟互别苗头；后苏贞昌再与异军突起的蔡英文及其支持势力展开激烈交锋。围绕党主席及党内重要职务人选，各派之间利益交换频频，“你方唱罢我登台”。以蔡英文为代表的新兴派系势力开始崭露头角，“谢系”、“绿色友谊连线”等势力逐渐式微，各派系成员之间的流动性有所增加。
整合期：“英新联盟”（2014——2018）
2014年3月，岛内爆发“太阳花学运”，其头目林飞帆、陈为廷等皆出自“小英基金会”，使蔡英文气势大涨，党内声望无出其右。同年5月，蔡再度出任民进党主席，“新系”选择与其合作，其他各派“赢粮而景从”。聚集在其周围的嫡系人马“建制成军”，所谓“英系”逐渐浮出水面，“英新联盟”也正式拉开帷幕。
2016年“大选”，蔡英文当选为新一届台湾地区领导人，集党政大权于一身。蔡利用手中的权力资源，笼络各派势力，大搞平衡之术，“英系”迅速膨胀壮大。“新系”也因全力“拥蔡”成为大赢家，除在“立委”选举中大有斩获之外，大批人马还得以进入执政团队、中央党部和公营事业单位，分享政治、经济和社会资源。2018年，面临“交棒”的“新系”台南市长赖清德和高雄市长陈菊北上卡位，分别接任“行政院长”和“总统府秘书长”职务，并安插麾下人马占据“府”、“院”要津。“新系”对各种党政资源具有近乎予取予求的掌控能力，对蔡当局的政策制定和施政路线发挥至关重要作用，“英新联盟”进入蜜月期。
其他各派的部分人马为分享权力，也甘为蔡英文效力，致原有派系实力相对衰减。“扁系”与“独派”结盟成立“喜乐岛联盟”，“游系”重组整合为“正国会”（源自游锡堃在2007年党主席任内提出的“正常国家决议文”），“苏系”和“谢系”世代交替、组织涣散，“绿色友谊连线”自成一家，“海派”向蔡输诚，各派均无叫板“英新联盟”的实力。
“九合一”选后的派系格局
“九合一”选举惨败，民进党执政危机空前，党内各派均遭受不同程度创伤，权力斗争和派系矛盾再度凸显。蔡英文及其主导的“英系”内外交困，“英新共治”面临破局风险，其他各派为谋权夺位伺机而动，民进党的派系格局及其竞合关系出现显著变化。
一是“英系”向心力弱化。“九合一”败选，蔡英文负首要责任并辞去党主席职务，直接影响“英系”地位。一方面，蔡党内声望下降，手中执政资源紧缩，平衡各派系力不从心，其所培植的亲信或因选举落败而士气低落，或因承担败责而纷纷落马，党内“反蔡”声浪前赴后继，“拥蔡”声音气若游丝。另一方面，其他各派与“英系”保持若即若离的关系，既希望继续分享执政资源，又要防止被蔡施政不彰所牵累。事实上，松散的组织形态和分赃的利益导向决定了“英系”因利而聚、利尽则散的命运走势。
二是“英新联盟”松动。“九合一”选举中，“新系”损兵折将、实力受挫，大本营高雄市被国民党参选人韩国瑜翻转，李进勇、魏明谷也分别失守云林和彰化，县市长席位仅保住桃园、台南和屏东。选后，“新系”“切割”、“护驾”两面下注：一方面，与蔡适当“切割”，避免被进一步拖下水。刚刚败选，赖清德、陈菊便口头请辞，被蔡强力慰留；随后“新系”内部再次传出赖辞职的声音，赖也明确称，“时间一到，会坚定地离开，负起政治责任”；今年1月11日，赖率“内阁”总辞，完成与蔡“切割”。另一方面，为分享执政资源，表面上仍做出“拥（转第7页）（接第15页）蔡”姿态。“新系”蔡其昌称，“民进党同在一条船上，没有切割与逼宫，将支持蔡连任”；段宜康辩称，“赖清德不会有任何企图要与蔡竞争2020（大选）”；郑文灿也联合其他各派中生代，共推与蔡关系密切的“谢系”卓荣泰参选党主席，为蔡执政稳住阵脚。总的看，“新系”与“英系”的蜜月期已经结束并产生裂痕，双方竞合关系趋于微妙。
三是派系权力分配“再平衡”。进入2019年，民进党即进行党主席补选，“保皇派”的卓荣泰当选党主席。蔡英文开始用其安抚各派系、平息党内“反蔡”声浪，进而借机操控党务、备战2020年“大选”，“英系”暂时得以止跌回稳；与此同时，卓任党魁也为“谢系”重振带来了新机遇。赖清德请辞“阁揆”后，“苏系”因苏贞昌接任“行政院长”而再次“枯木逢春”，其亲信李孟谚任“行政院秘书长”，张子敬被扶正为“农委会主委”，吴泽成、林万亿等纷纷留任，该系掌握的执政资源大增。“新系”虽因赖辞职而不再掌印“阁揆”，但赖民意支持度较高并向“独派”取暖，仍有机会与实力问鼎“大位”；陈菊位居“总统府秘书长”要职，郑文灿、黄伟哲、潘孟安等中生代强将执掌一方、风头正盛；另有该系多名成员留任苏“内阁”，在行政团队中依然实力强劲。“正国会”召集人林佳龙参选台中市长落败后，经过一段时间的蛰伏，顺利进入新的行政团队，掌管号称“小内阁”的“交通部”，为“正国会”保留了实力；同时也成为蔡英文制衡苏贞昌和“新系”的重要筹码。此外，“独派”团体纷纷“拥赖”，集体向蔡施压，伺机在接踵而来的2020年“大选”中谋权夺利。总之，民进党长期以来形成的各派相互制衡、利益分赃、派系共治的结构和格局仍未改变，各派也因实力消长而不断出现分化重组。
《台湾周刊》2019年第7期